El Colegio nace en 1929, recién instalados los Hermanos Capuchinos en el barrio de Torrero, como una sencilla escuela en la Avenida de América 8, situada en los bajos de la capilla. Era la primera escuela de Torrero y, en su primer curso, matriculó a 125 niños.

Para responder mejor a las necesidades del barrio, se transformaron las escuelas privadas de San Antonio en una escuela de patronato. Ejerció su labor docente en la calle Alicante 40, en un edificio propiedad del patronato Católico Social de Torrero, quien lo cedió desinteresadamente. Era el primer centro de estudios medios en el barrio.

Como suponía un sacrificio para las familias, se hicieron las gestiones necesarias para fundar una sección Filial del instituto Goya. Mientras tanto, el Patronato que estaba construyendo un grupo de viviendas tomó el acuerdo de dedicar los locales de esas viviendas a la enseñanza. La Sección Filial impartía Bachillerato en Monterregado 21 y el Colegio, Enseñanza Primaria y Preescolar en Monterregado 23.

Cuando en 1971 se implantó la EGB, se unieron ambos en el mismo centro escolar con el nombre ya definitivo de COLEGIO SAN ANTONIO DE PADUA. Solo faltaba edificar las nuevas instalaciones, más amplias y definitivas, en Fray Julián Garás 1, siendo inauguradas en abril de 1979.

En el periodo de 2015 a 2020, el Colegio también ha sido titular del Centro Privado de Educación Infantil Divina Pastora para niños de 0-3 años en la calle Maestro Estremiana 31.